Im epischen Finale der Maze Runner Saga führt Thomas seine Gruppe der entflohenen Gladers auf ihre letzte und gefährlichste Alles beginnt mit einem Labyrinth.

Thomas (Dylan O’Brian) erwacht in MAZE RUNNER - DIE AUSERWÄHLTEN IM LABYRINTH auf einer Lichtung - kann sich jedoch an nichts erinnern: Er weiß weder, wer er ist, noch weshalb er dorthin gebracht wurde. Er findet sich mitten unter den Gladern wieder, darunter Minho (Ki Hong Lee), der Anführer der Maze Runner, Newt (Thomas Brodie-Sangster), ein guter Freund und Ratgeber, Gally (Will Poulter), eine Führungspersönlichkeit und Rivale und Teresa (Kaya Scodelario), das einzige Mädchen unter den Gladern, mit der Thomas wohl durch eine gemeinsame dunkle Vergangenheit eng verbunden ist. Sie alle sind auf der Lichtung gefangen, umschlossen von einer 70 Meter hohen Mauer und einem Labyrinth, das sich ständig verändert.

Ihre Lage verschärft sich sogar noch, als die Gladers endlich aus dem Labyrinth entkommen - nur um sich inmitten einer trostlosen Landschaft voller unbeschreiblicher Gefahren wiederzufinden: die Brandwüste. Zum Glück treffen in MAZE RUNNER – DIE AUSERWÄHLTEN IN DER BRANDWÜSTE Thomas und die überlebenden Glader auch auf eine Gruppe Widerstandskämpfer. Gemeinsam mit ihren neuen Verbündeten spüren Thomas und die Glader eine ebenso mysteriöse wie mächtige Organisation auf, die für alle bisherigen „Überlebens-Tests“ verantwortlich ist: die skrupellose Organisation heißt WICKED und konnte absolut schockierende Pläne scheinbar unbehelligt in die Tat umsetzen.

In MAZE RUNNER – DIE AUSERWÄHLTEN IN DER TODESZONE werden jetzt die Motive von WICKED immer klarer: Die Chefin von WICKED, Dr. Ava Paige (Patricia Clarkson), ist sich mittlerweile sicher, eine Kur gegen die sogenannten „Flares“ gefunden zu haben, ein tödliches Virus, das fast die gesamte Weltbevölkerung ausgerottet hat. Doch damit die Kur wirken kann, müssen die wenigen jungen Leute, die anscheinend immun gegen das Virus sind, eben geopfert werden. Und um diesen grausamen Plan zu verwirklichen, ist Dr. Paige jedes Mittel recht. Thomas und seinen Freunden wird sogar die Freiheit versprochen, nur um sie in Sicherheit zu wiegen. Doch sie stellen fest, dass sie erneut von WICKED belogen wurden. Das tödliche Virus breitet sich immer weiter aus. Um ihre Freunde zu retten, die als Testobjekte gefangen wurden - darunter auch Minho - und um endlich die Antworten auf ihre vielen Fragen zu bekommen, müssen Thomas und die Glader samt ihren neuen Verbündeten nun in die verbotene Stadt Last City vordringen, die letzte von WICKED kontrollierte Bastion. Dort müssen sie in das streng gesicherte Hauptquartier von WICKED einbrechen, um gegen die grausame Organisation anzutreten und sie endgültig zu Fall zu bringen.