Suzume ist die Geschichte des Heranwachsens der 17-jährigen Protagonistin Suzume. Die Handlung spielt in verschiedenen Katastrophengebieten Japans, in denen Suzume Türen schließen muss, die für die dortigen Verwüstungen verantwortlich sind.
Suzumes Reise beginnt in einer ruhigen Stadt in Kyushu (im Südwesten Japans gelegen), als sie einem jungen Mann begegnet, der nach einer bestimmten Tür sucht. Suzume findet daraufhin eine einzelne verwitterte Tür, die aufrecht inmitten von Ruinen steht, als sei sie vor jeder Katastrophe verschont geblieben. Scheinbar von ihrer Kraft angezogen, greift Suzume nach dem Knauf … Überall in Japan beginnen sich Türen zu öffnen, was rundum verheerende Desaster mit sich bringt. Suzume muss diese Portale schließen, um weiteres Unheil zu verhindern.

Die Sterne, der Sonnenuntergang und der Morgenhimmel.
Innerhalb dieser Sphäre scheint es, als ob alle Zeit mit dem Himmel verschmolzen wäre …

Noch nie zuvor gesehene Landschaften, Begegnungen und Abschiede … unzählige Herausforderungen erwarten Suzume auf ihrer Reise. Trotz aller Hürden wirft Suzumes Abenteuer einen Hoffnungsschimmer auf unseren eigenen Kampf gegen die schlimmsten Ängste und Fesseln, die das tägliche Leben ausmachen. Diese Geschichte über sich schließende Türen, die unsere Vergangenheit mit unserer Gegenwart und unserer Zukunft verbinden, wird einen bleibenden Eindruck in all unseren Herzen hinterlassen.

Angezogen von diesen geheimnisvollen Türen, wird Suzume bald ihre Reise beginnen.