Der japanische Archipel, heute in zwanzig Jahren.
Die Hundepopulation hat seuchenartige Ausmaße angenommen. Ein Ausbruch der Hundegrippe erschüttert die Stadt Megasaki.
Die Hundegrippe droht die Artenschranke zu überwinden und auf die Menschen überzugreifen. Kobayashi, Bürgermeister der Präfektur Uni, fordert eine schnelle Quarantäne: die Abschiebung und Einhegung aller Hunderassen, Streuner wie Haustiere. Per Notverordnung wird Trash Island eine Exilkolonie.
Die Insel der Hunde.
Sechs Monate später vollzieht ein winziges einmotorisches Flugzeug eine Bruchlandung auf der belebten Müllhalde. Ein Rudel von fünf verlassenen und hungrigen, aber stolzen Hunden klettert zu dem Flugzeugwrack und entdeckt einen aus dem brennenden Rumpf torkelnden zwölfjährigen Piloten. Atari, der elternlose Pflegesohn von Bürgermeister Kobayashi.
Mit der Unterstützung seiner neugewonnenen tierischen Freunde geht Atari auf die Suche nach seinem verlorenen Hund Spots – und enthüllt eine Verschwörung, die alle Hunde von Megasaki City mit ihrer endgültigen Vernichtung bedroht.